Repository of Research and Investigative Information

Repository of Research and Investigative Information

Rafsanjan University of Medical Sciences

بررسی بیوانفورماتیکی تأثیر ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی Ferulago angulat، Scrophularia striata و Laurus nobilis در مهار پروتئین‌های مؤثر در بروز مقاومت آنتی‌بیوتیکی در استافیلوکوکوس اورئوس: یک مطالعه توصیفی

(2019) بررسی بیوانفورماتیکی تأثیر ترکیبات گیاهی موجود در گیاهان دارویی Ferulago angulat، Scrophularia striata و Laurus nobilis در مهار پروتئین‌های مؤثر در بروز مقاومت آنتی‌بیوتیکی در استافیلوکوکوس اورئوس: یک مطالعه توصیفی. Journal of Rafsanjan University of Medical Sciences. pp. 192-177. ISSN 1735-3165

[img] Text
6نصرتی 4349.pdf - Published Version

Download (418kB)

Official URL: http://journal.rums.ac.ir

Persian Abstract

چکیده زمینه و هدف: اخیراً عفونت¬های ناشی از استافیلوکوکوس اورئوس (Staphylococcus aureus; S. aureus) و ایجاد جدایه‌های مقاوم به آنتی بیوتیک¬ها افزایش یافته است. بنابراین مطالعات فراوانی به منظور معرفی ترکیبات جدید با فعالیت ضد S. aureus به¬ویژه ترکیباتی با منشاء طبیعی جهت مقابله با گونه¬های مقاوم به آنتی بیوتیک انجام گرفته است. هدف از این مطالعه تعیین غربال¬گری بیوانفورماتیکی مهارکننده¬های نوین پروتئین¬های مرتبط با بروز مقاومت آنتی¬بیوتیکی موجود در گیاهان دارویی بود. مواد و روش¬ها: در این مطالعه¬ توصیفی، ابتدا ساختار سه بعدی ترکیبات فیتوشیمیایی موجود در سه گیاه دارویی Ferulago angulat، Scrophularia striata و Laurus nobilis از پایگاه داده PubChem دریافت شد. سپس ساختار سه بعدی چهار پروتئین مرتبط با بروز مقاومت آنتی¬بیوتیکی شامل β-lactamase، پروتئین متصل شونده به پنی‌سیلین a2 (a2PBP)، ونکومایسین A (VanA) و D-آلانیل D-آلانین دی پپتیداز (VanX) به کمک پایگاه داده¬های پروتئین به دست آمد. در نهایت، توانایی ترکیبات شیمیایی انتخاب شده جهت مهار پروتئین¬های مرتبط با مقاومت آنتی‌بیوتیکی مذکور با استفاده از روش داکینگ مولکولی به¬وسیله نرم‌افزار 1. 2iGemdock بررسی شد. یافته‌ها: نتایج نشان داد که اکثر ترکیبات مورد بررسی، برهمکنش¬های مناسبی با تمامی پروتئین¬های مورد مطالعه به ویژهVanX دارند. نتایج هم¬چنین نشان داد که دو ترکیب Phthalate (ethylhexyl-2)Bis و Palmitic acid قوی¬ترین برهمکنش¬ها را با تمامی پروتئین¬های مورد بررسی دارند. نتیجه¬گیری: نتایج این مطالعه نشان داد که که دو ترکیب Phthalate (ethylhexyl-2)Bis و Palmitic acid موجود در گیاهان دارویی بررسی شده کاندیدهای مناسبی برای مطالعات برون تنی و درون تنی مرتبط با فعالیت ضد S .aureus مقاوم به آنتی¬بیوتیک می¬باشند. واژه¬های کلیدی: استافیلوکوکوس اورئوس، مقاومت آنتی‌بیوتیکی، گیاهان دارویی، بیوانفورماتیک

Title

Bioinformatics Study of the Effects of Some Phytocompounds Found in Ferulago Angulat, Scrophularia Striata and Laurus Nobilis Medicinal Plants on Inhibition of the Proteins Causing Antibiotic Resistance in Staphylococcus Aureus: A Descriptive Study

Abstract

Background and Objectives: Currently infections caused by Staphylococcus aureus have increased and raised antibiotic resistant isolates. Therefore, lots of studies have been done to introduce novel anti-S.aureus compounds especially natural originated constitutes. Hence, this study aimed to determine bioinformatics screening of novel inhibitors of antibiotic resistance-associated proteins in S.aureus from medicinal plants. Material and Methods: Firstly, in this descriptive study, three-dimension structure of a set of phytochemicals from three medicinal plants including Ferulago angulat, Scrophularia striata, Laurus nobilis were retrieved from PubChem database. Then, three-dimension structure of four antibiotic resistance-associated proteins including β-lactamase, penicillin binding protein 2A (PBP2a), Vancomycin A (VanA) and D-alanyl-D-alanine dipeptidase (VanX) were obtained from Protein Data Bank. Finally, the ability of the selected phytocompounds for inhibition of the mentioned antibiotic resistance-associated proteins was investigated using molecular docking method by iGemdock 2.1 software. Results: The results showed that most of the tested compounds had appropriate interaction to all the studied proteins especially to VanX. The results also revealed that Bis (2-ethylhexyl) phthalate and Palmitic acid had strongest interactions to all the tested proteins. Conclusion: The results of this study showed that Bis (2-ethylhexyl) phthalate and Palmitic acid found in the surveyed medicinal plants are good candidates for more in vitro and in vivo studies about anti-bacterial activity against antibiotic resistant S. aureus. Keywords: Staphylococcus aureus, Antibiotic resistance, Medicinal plants, Bioinformatics. Funding: None declared. Conflict of interest: None declared. Ethical approval: None declared. How to cite this article: Shakeran Z, Shakeran Z, Nosrati M. Bioinformatics Study of the Effects of Some Phytocompounds Found in Ferulago Angulat, Scrophularia Striata and Laurus Nobilis Medicinal Plants on Inhibition of the Proteins Causing Antibiotic Resistance in Staphylococcus Aureus: A Descriptive Study. J Rafsanjan Univ Med Sci 2019; 18 (2): 177-92. [Farsi]

Item Type: Article
Keywords: Staphylococcus aureus, Antibiotic resistance, Medicinal plants, Bioinformatics.
Divisions: Research Vice-Chancellor Department > Journal of Rafsanjan University of Medical Sciences
Page Range: pp. 192-177
Journal or Publication Title: Journal of Rafsanjan University of Medical Sciences
Journal Index: ISC
Volume: 18
Number: 2
Publisher: دانشگاه علوم پزشکی رفسنجان
ISSN: 1735-3165
Depositing User: خام فاطمه بشارت
URI: http://eprints.rums.ac.ir/id/eprint/6723

Actions (login required)

View Item View Item